Насколько мне известно, Яндекс навигатор не позволяет подгружать свои данные.
Если пользуетесь устройством на Андроиде, то настройте MapcamDroid на работу в фоновом режиме и запуск Яндекс навигатора при переходе в фоновый режим. Будете получать предупреждение от MCD и пользоваться навигатором.