Попробуйте точку немного сдвинуть и сохранить с измененными координатами. А уж потом попробывать удалить. Как вариант.
Отбой тревоги, перезагрузил комп, вроде все получилось, хотя странно, что все работало кроме кнопки "удалить объект"...
P.S. кстати, сейчас посмотрел, удалилось после Вашей корректировки...