Навигатор и MCD при этом работают одновременно, но оповещение идёт только от навигатора?
Как вариант проверить аудио-канал в настройках (настройка предупреждений - настройка громкости). У меня стоит "мультимедиа". Со стерео гарнитурой (A2DP) работает без проблем.
Проверить громкость в настройках MCD.
На всякий случай, можно проверить профили блютуз в настройках устройства для данной гарнитуры, галочки должны быть у двух профилей аудио телефона (собственно гарнитура) и медиа (прослушивание мультимедиа).