Сегодня экспериментировал: если наверху яндекс то оба работают нормально, а если яндекс внизу то нет.
Попробуйте всё таки фоновый режим вместо режима двойного экрана. И запускать проще, и в использовании удобнее.
Настройки - Запуск/Остановка/Автоматизация - Внешняя программа (поставить галочку) + Выбор программы (выбрать ЯКарты или ЯНавигатор или кому что).
Что получите? Стартуете MCD. Запускаете в фоновом режиме. Сразу стартует внешняя программа (ЯКарты) во весь экран. Параллельно запускается в фоне MCD. В движении работают карты на весь экран. Всё хорошо видно. Периодически всплывают окна предупреждения от MCD (поверх карт, место и размер настраиваете и выбираете сами), уведомляя об опасности.
Мне представляется этот вариант удобнее и информативнее.
Двойной экран имеет свои преимущества, - скажем видна перспектива предупреждений. Пробуйте. Может понравится фоновый режим.