На всякий случай сохраните на компьютере файл GPX/Current.gpx из навигатора - там хранятся ваши точки, включая Дом, и треки ваших последних поездок. Если после чистки избранного ваши точки тоже удалятся, то перепишите сохраненный файл обратно в каталог GPX, но под именем Current1.gpx (так в документации написано) - после следующей обычной загрузки навигатор сам их восстановит обратно в файле Current.gpx, а переписанный Current1.gpx можно будет как-нибудь потом удалить самостоятельно.
Но может и такое статься, что опять восстановятся все точки, включая появившиеся в избранном по ошибке

Тогда только ручная чистка Current.gpx в текстовом редакторе (это XML-файл понятной структуры) и восстановление описанным способом поможет.
В общем, люди, не ленитесь менять режим записи точек в Garmin POI Loader с заданной первоначально записи прямо в навигатор (именно тогда, я полагаю, загрузчик, помимо сборки точек в GPI-файл, еще и любезно прописывает их всех в Избранном) на запись в файл на компьютере - потом самостоятельно скопировать его в навигатор в папку Poi совсем не тяжело, и ничего неожиданного/нежелательного тогда не происходит.