Если для зарядки подключаете телефон к USB разъему магнитолы, то магнитола может перехватывать звук на себя (у некоторых это происходит по-умолчанию). Поищите в настройках магнитолы, как отключить этот режим.
Для принудительного же направления звуковых уведомлений приложения в динамик телефона попробуйте выбрать в настройках приложения звуковой канал "Динамик".