А еще загляните в Куда/Избранное - наверняка вас будет ждать еще один неприятный сюрприз, все загружённые предупреждения теперь еще и там. Лечить понятно как - удалением всех избранных точек (включая свои, к сожалению). Файл POI.gpi в папке Poi можно уже не трогать, наверное.
И к сожалению, в начале темы никак не описано главное условие безопасной загрузки предупреждений - при запуске Garmin POI Loader надо выбирать запись предупреждений в файл, а не сразу в навигатор. Файл можно выбрать сразу на "диске" подключенного к компьютеру навигатора.